iotop почав видавати цікаві дані: 
IO завантажений на 99% процесом [kworker/u16:0+flush-8:112]
Після пошуків варіантів проблеми, виявилось, що knot-resolver має персистентний кеш на жорсткому диску.

Опубликован релиз KnotDNS 3.0.0, высокопроизводительного авторитативного DNS сервера (рекурсор выполнен в виде отдельного приложения), поддерживающего все современные возможности DNS. Проект разрабатывается чешским реестром имен CZ.NIC, написан на языке Си и распространяется под лицензией GPLv3.

KnotDNS отличается ориентацией на высокую производительность обработки запросов, для чего применяется многопоточная, и по большей части неблокирующая реализация, хорошо масштабируемая на SMP-системах. Предоставляются такие возможности, как добавление и удаление зон на лету, передача зон между серверами, DDNS (динамические обновления), NSID (RFC 5001), расширения EDNS0 и DNSSEC (включая NSEC3), ограничения интенсивности ответов (RRL).

Стоит сейчас bind, собранный опциями --prefix=/opt/bind --with-tuning=large --enable-threads --with-openssl --with-libtool. Потребовалось вынести DNS сервер, т.к. нагрузка получилась на нем немаленькая. Обратил внимание на Knot. Но есть нюанс - разные адреса для разных сетей должны отдаваться. Что из этого получится - посмотрим.